1951年5月,根据中央人民政府颁布的《省各界人士代表会议组织通则》的规定,在新疆省召开的首届各族各界人民代表会议上，选举产生了新疆省协商委员会，标志着新疆的地方政协组织正式建立。 协商委员会期间，新疆刚刚解放，各项事业都处于整顿恢复阶段。新疆省协商委员会积极协助省人民政府制定各项政策，贯彻执行省“各代会”的各项决议，宣传党和政府的各项方针政策;团结动员全疆各族人民群众和各界人士，积极参加土地改革、镇压反革命、民主改革、“三反”、“五反”运动等重大任务;推行民族区域自治，维护各族人民的大团结，努力发展爱国统一战线，巩固人民民主专政，对新疆民主统一战线的建立和巩固，稳定新疆局势，顺利进行民主改革发挥了重要作用。 1955年2月，新疆省政协一届一次会议召开，选举产生了首届政协机构。同年10月,随着自治区的成立，正式改为自治区政协。到1966年5月的11年间，自治区政协历经三届，委员界别从16个发展到21个，委员人数从137人增至303人，团结面逐渐扩大。至1966年5月，各自治州、直辖市和工商业较多且文化较发达的城市,及民族宗教和统战工作任务较重的县均建立了政协组织。全区政协组织发展到86个，共有约4800名委员。在此期间，全区各级政协，同各族各界人士与人民群众一道，紧紧围绕党委和政府的中心任务，在保证三大改造顺利完成的同时，积极投入了社会主义建设事业，为新疆国民经济的迅速发展作出了贡献。“文化大革命”时期,自治区各级政协受到严重冲击,政协工作被迫止。            

1976年10月，“文化大革命”结束，标志着新的历史时期的开始。中共十一届三中全会后，各级政协组织相继恢复并得到加强。这一时期，自治区政协第四、五届委员会的重要任务之一，就是遵照党中央、全国政协和自治区党委关于落实统战政策的指示，坚持有错必纠的原则，大力拨乱反正，认真纠正“左”的错误，认真进行了落实政策工作。至1987年底，为全区2267名各级政协委员落实了政策。自治区政协还同自治区党委统战部等部门密切配合，认真开展了原国民党起义投诚人员、台胞台属、原工商业者、民族宗教上层人士、知识分子的政策落实工作。通过落实政策，更加密切了中国共产党和各族各界的联系，发展和壮大了爱国统一战线。 1989年中共中央《关于坚持和完善中国共产党领导的多党合作和政治协商制度的意见》发表后，自治区政协紧紧围绕经济建设这个中心，通过各种重要例行会议以及各专门委员会开展的经常性活动，就国家的大政方针和自治区经济科技、文化教育、医疗卫生、社会法制、民族宗教等重要事务和社会生活中的热点、难点问题进行认真的协商讨论，对群众普遍关心的问题开展深入的调查研究，提出了许多有重要参考价值的意见和建议，受到党委、政府及有关部门的高度重视并认真采纳。这一阶段，自治区政协还征编出版了大量文史资料，为研究新疆历史，进行国情、区情和革命传统教育，维护民族团结与促进祖国统一，起到了积极的作用。这一时期，为了适应新形势新任务的需要，政协组织也有了较快的发展。

1978年1月到2006年1月，自治区政协委员界别从18个发展到29个，委员人数从407名增至509名，专门委员会从2个增至7个。随着爱国统一战线的发展和壮大，全区大部分县、市、区都成立了政协组织。到2006年1月，全区5个自治州、3个直辖市、7个地区、64个县、6个自治县、17个县级市和11个市辖区中的8个区均建立了政协组织。

自治区政协第十三届组成于2023年1月，共设30个界别，委员523名，常委会组成人员120名，主席、副主席14名。政协机关设办公厅和9个专门委员会。目前，全区共有各级政协组织120个,各级政协委员1.5万多名。